Deseori, clienții întreabă care este diferența dintre POP și IMAP.
POP (Post Office Protocol) este un protocol inventat în 1984 și rafinat până prin 1998, care permite descărcarea simplă și facilă a mesajelor de pe un server de email pe calculatorul local. Programele de email (Outlook, Thunderbird, Zimbra Desktop, etc) preiau mesajele de pe server și le stochează pe harddiscul calculatorului. Imediat după descărcare mesajele sunt șterse de pe server, eliberând spațiul ocupat. Protocolul POP are avantajul vitezei, deoarece mesajele sunt accesate local, însă nu permite accesul de pe mai multe calculatoare (decât prin artificii tehnice, care pot duce la coruperea mesajelor). Dacă vei configura două calculatoare să ia mesajele prin protocolul POP, vei avea surpriza de a găsi o parte din mesaje pe un calculator, iar restul pe celălalt, fără a avea însă toate mesajele pe același calculator.
IMAP (Internet Message Access Protocol) a fost dezvoltat inițial în 1986 ca o alternativă la POP. Diferența majoră dintre IMAP și POP este accea că mesajele sunt prelucrate direct pe server. Clientul de email aduce pe calculatorul sau terminalul inteligent o copie a mesajului, însă toate operațiunile (modificare, ștergere, organizare în foldere) sunt efectuate direct pe serverul IMAP. De aici și avantajul major: folosind protocolul IMAP, poți accesa mesajele de pe mai multe terminale (calculatorul de la birou, laptopul de acasă, tableta portabilă sau telefonul inteligent), fără grija pierderii unor mesaje importante. Păstrând mesajele pe server, dezavantajul tău este acela al spațiului scump (spațiul de stocare locat este mult mai ieftin decât spațiul pe serverul furnizorului). Acest dezavantaj este însă estompat de mai toate programele de email, care permit arhivarea sau backup-ul local al mesajelor.